Ο Αρχιμανδρίτης Βησσαρίων Κουότσης είναι πτυχιούχος της Φιλοσοφικής και της Θεολογικής Σχολής του Ποντιφικού Γρηγοριανού Πανεπιστημίου της Ρώμης. Είναι κάτοχος μεταπτυχιακού τίτλου σπουδών στην Ιστορία Δογμάτων από το Τμήμα Θεολογίας της Θεολογικής Σχολής του Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών και επίσης κάτοχος μεταπτυχιακού τίτλου σπουδών στη Δογματική και Συμβολική Θεολογία από το Τμήμα Θεολογίας της Σχολής Ανθρωπιστικών Σπουδών και Κοινωνικών Επιστημών του Πανεπιστημίου Λευκωσίας.